Caracterización morfológica y análisis filogenético multilocus (ITS, TEF Y RPB2) del complejo fúngico asociado a pudrición de raíz en sandía en Sonora, México.

Abstract

La pudrición radicular es uno de los principales problemas fitosanitarios que se presenta en sandía cultivada en Sonora, el principal productor en México. La presente tesis se planteó con la finalidad de identificar mediante análisis morfológico y filogenético a especies fúngicas asociadas a la pudrición de raíz en el cultivo de sandía en cuatro campos ubicados en la Costa de Hermosillo y Valle de Guaymas. Durante el ciclo primavera-verano 2013 y 2014 se observó pudrición de raíz, marchitez, colapso y muerte de guías de sandía. Se aislaron 45 cepas puras de hongos que en base a la comparación de estructuras con claves taxonómicas fueron identificados como pertenecientes a los géneros Fusarium y Rhizoctonia. Las reacciones de amplificación de ADN por PCR y el análisis filogenético por Máxima Verosimilitud de las secuencias concatenadas (ITS, TEF y RPB2), permitieron la agrupación de los aislados en 7 clados. Tres clados identificaron a Fusarium falciforme (Fusarium solani species complex), F. brachygibbosum (Fusarium sambucinum species complex) y F. oxysporum (Fusarium oxysporum species complex); dos clados correspondieron a los grupos anastomósicos AG-A y AG-F de Ceratobasidium sp., y otros dos a AG-4 y AG-6 de Rhizoctonia solani. Se describieron cuatro morfotipos de F. brachygibbosum y se compararon con los de F. falciforme y F. oxysporum, lo que permitirá mejorar el diagnóstico morfológico de la enfermedad. Finalmente, se desarrollaron protocolos de PCR múltiple y qPCR para la identificación y cuantificación en menos de tres horas para cada ensayo de las especies fúngicas del género Fusarium. Las pruebas de patogenicidad realizadas con aislados representativos de cada especie demostraron que la pudrición radicular y marchitez de plantas de sandía puede ser causada, de manera individual o en conjunto, por un grupo diverso de hongos. La información generada servirá de base para implementar el manejo integrado de la enfermedad.